Berdasarkan Keputusan Presiden Nomor 102 Tahun 2001 tentang Kedudukan, Tugas, Fungsi, Kewenangan, Susunan Organisasi dan Tata Kerja Kementerian, dan Peraturan Menteri Agama Nomor 13 Tahun 2012 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Kementerian Agama, maka MTsN 1 Musi Banyuasin mempunyai tugas dan fungsi sebagai unit pelaksana teknis di bidang pendidikan dalam lingkungan Kementerian Agama, yang berada di bawah naungan dan bertanggung jawab kepada Kepala Kantor Kementerian Agama Kabupaten / Kota Cq. Kepala Seksi Pendidikan Madrasah, yang beralamatkan di kota Sekayu.
MTsN 1 Musi Banyuasin mempunyai tugas melaksanakan pendidikan dan pengajaran Agama Islam sekurang-kurangnya 30% sebagai mata pelajaran dasar, disamping pendidikan dan pengajaran umum selama 3 tahun bagi tamatan MI atau sederajat.